2008-2012 yılları arasında Akçakale Sınır Kapısı Mülki İdare Amirliği görevi sırasında Suriye Arap Cumhuriyetinde oluşan iç savaş sebebiyle Ülkemize sığınan Suriyeli mülteciler için 30 bin kişilik Akçakale Süleyman Şah Konaklama Merkezini kurmuş ve yönetmiştir.
2012 yılında Rize Vali Yardımcısı olarak atanmış, vali yardımcılığı görevinin yanında 2014 yılından itibaren Rize İl Özel İdaresi Genel Sekreterliği görevini de yürütmüştür.
Yaptığı başarılı çalışmalardan dolayı Otlukbeli Belediyesi Meclisi, Akçakale Belediyesi Meclisi ve Rize İl Genel Meclisinin oybirliğiyle aldığı kararlarla Otlukbeli, Akçakale ilçeleri ve Rize ilinin fahri hemşerisi kabul edilmiştir. Ayrıca, Şanlıurfa/Akçakale ilçesinde eğitim, sağlık ve gençlere yönelik yürüttüğü başarılı çalışmalarından dolayı Türk İdareciler Derneği tarafından 2010 yılında Vali Celalettin Tüfekçi hizmet ödülüne layık görülmüş ve yılın idarecisi seçilmiştir. Rize’de kültür, sanat ve sosyal projeler alanında yaptığı başarılı çalışmalardan dolayı ise Üstün Başarı Belgesi alarak maaşla ödüllendirilmiştir.
2015 yılında İçişleri Bakanlığı Mahalli İdareler Genel Müdürlüğü emrine atanarak 3 yıl boyunca Daire Başkanı olarak görev yapan Sn. AYGÖL, bu görevi esnasında Cumhurbaşkanlığı Külliyesinde icra edilen muhtarlar toplantılarını organize etmiştir. Ayrıca; KÖYDES, KIRDES, Coğrafi Bilgi Sistemi ve Güvenlik Yolları projelerinin koordinatörlük görevini yürütmüş; mahalli idareler kapsamında üst düzey yöneticilere çeşitli eğitim, seminer programları icra etmiş ve mezkûr konularda makaleleri yayımlanmıştır.
30.11.2017 tarihinde 1.Sınıf Mülki İdare Amirliğine terfi etmiş olup 07.08.2018 tarihinde Vilayetler Birliği Genel Sekreteri ve Vilayetler Turizm A.Ş. Genel Müdürü olarak görevli iken 2019 yılı Mülki İdare Amirleri Kararnamesiyle atandığı İller İdaresi Genel Müdür Yardımcılığı görevini bir yıl birlikte yürütmüştür.
01.01.2023 tarihinden itibaren Milletlerarası Ahvali Şahsiye Komisyonu (CİEC) başkanlığını yaptı.10.06.2020-16.08.2023 tarihlerinde Nüfus ve Vatandaşlık İşleri Genel Müdürlüğü görevini yürütmüştür.
09.08.2023 tarih ve 2023/376 sayılı kararname ile 2023-2025 yılları arasında 2 yıl süre ile Bilecik Valiliği yapan Şefik AYGÖL, 27 Mayıs 2025 tarih ve 2025/203 sayılı Cumhurbaşkanlığı Atama Kararı ile Tunceli Valiliğine atanarak, 03 Haziran 2025 tarihi itibarıyla görevine başlamıştır.
Sn. AYGÖL, evli ve dört çocuk babası olup İngilizce bilmektedir.