İç Kontrol Sistemi, bir kurumun faaliyetlerini etkin, verimli, mevzuata uygun ve hesap verebilir şekilde yürütmesini sağlamak amacıyla oluşturulan; riskleri önceden görmeye, hataları ve usulsüzlükleri önlemeye yönelik süreçler bütünüdür.

Strateji Geliştirme Başkanlığı tarafından iç kontrol sistemi; kamu kaynaklarının doğru kullanılması, mali ve idari süreçlerin güvence altına alınması, risklerin yönetilmesi, şeffaflık ve hesap verebilirliğin sağlanması amacıyla planlanır, koordine edilir ve izlenir.